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即使是准备了4年之久，在不同行业和地区都进行过试点，营改增全面推行之后仍会遇到意想不到的问题。
营改增推行遇难题
5月6日，E20环境平台与毕马威合作举行“第61期环境产业战略沙龙”，来自30多家环保企业的财务负责人围绕“营改增对环境产业的影响及对策”展开热烈讨论，多家企业反映税负不降反增。
“营改增牵一发而动全身，不光是企业财务税务部门的事，还涉及到法律、采购、业务、研发、设计等各个部门。”毕马威企业咨询(中国)有限公司税务合伙人沈瑛华表示，营改增不是简单“改革”，而是一场“革命”，企业的整个经营模式都会因此发生变化。
针对企业反映较多的抵扣进项少、政策不明确、各地解释不一致等问题，E20环境平台高级合伙人王立章表示，环保企业一要积极应对，二要积极诉求，E20环境平台将汇集企业建议和意见，推进政策更好地利于产业发展。
■“牵一发而动全身”
去年6月，财政部和国家税务总局印发《资源综合利用产品和劳务增值税优惠目录》(财税[2015]78号)(以下简称“78号文”)，取消了污水处理、再生水等业务的免增值税政策。如今，“78号文”余波未平，营改增又来了。
沈瑛华告诉记者，5月1日开始，营改增全面推行，金融服务业的税率由5%变为6%，房地产业由5%变为11%，建筑业则由3%变为11%。由于环保企业的业务类型涵盖设备供应、设计服务、建筑和投融资等，所以不同业务的税率也不一样，设备供应的税率是17%，设计服务为6%，建筑业则由3%变为11%；投融资方面，此前以无形资产或不动产入股的不需要缴纳营业税，营改增后则要计算应纳税率。
PPP项目更为复杂，设立阶段的变化与投融资相同，此前以无形资产或不动产入股不需要缴纳营业税，营改增后，不动产入股的根据不同情况适用5%或11%的税率，无形资产入股的则适用6%的税率；投融资阶段，向贷款方支付的利息、投资手续费、咨询费等是没有进项可以抵扣的；建设阶段，不动产的在建工程可以分两年进行抵扣，设备采购、运营维护等则不在此范围中；移交阶段，使用权移交不涉及增值税问题，资产移交则需要缴纳增值税；如果有并购，股权并购没有增值税的影响，资产并购(除整体业务转让外)要缴纳增值税。
以北京首创股份为例，其财务总监冯涛表示，公司涉及自来水、污水、环境设备、设计咨询工程等全产业链，目前看自来水和污水的运营影响不大，建筑业务有一些影响，但由于底量不大，整体影响还在“可控范围内”。
沈瑛华表示，营改增不是企业财务、税务部门可以单独做的事情，需要整个流程的参与，法务签订合同时就要注意，业务部门推出新产品时也要把国家优惠政策用足，甚至从新产品研发阶段就要考虑。
“在5月1日的政策实施时点上，企业只能先做到基本合规，下一环节则是要做增值税的优化管理，可能需要跟业务部门去协调。”沈瑛华说。